甘酒メーカーには内容器が2つありますが、どちらを使えばよいですか？

どちらを使っても問題ありません。容器の大小で使い方に決まりはありません。

甘酒につきましては、説明書の分量ですと、（小）の容器で作ることができます。

※容器の大小によって出来上がりに差はありません。